Ebru sanatında doğal ve yüksek pigmentasyona sahip boya kullanmak ortaya çıkacak sanat eserinin kalitesi açısından oldukça önemlidir.
Geleneksel ebruda toprak boyalar adı verilen doğadaki kayalar ve topraktan elde edilen tabii boyalar kullanılır.
Ebru boyasının canlılığı ve kalıcılığı ebru desenlerinin kağıt üzerinde parlak ve şık görünmesini sağlar.